Die interstitielle Zystitis wird klinisch diagnostiziert. Die histologischen Befunde sind unspezifisch und nicht diagnostisch. Typisch ist eine Panzystitis mit Ulzera und vermehrtem Entzündungsinfiltrat in der Submukosa. Im Detrusormuskel finden sich vermehrt Mastzellen. Meist sind Frauen mittleren Alters betroffen, die über suprapubische Schmerzen, Dysurie und Pollakisurie klagen.